畅销动画「乌龙派出所」剧场版第二集，平静的龟有小镇，一天，有人突然目击到UFO，突然出现的神秘几何图案，更使得龟有镇瞬间成为观光圣地！同时，龟有派出所成员一行人前往夏威夷员工旅游，要求麻烦制造者两津留守在派出所。 　　从不放弃的两津，竟然趁机潜入飞机的贷舱，靠着小聪明也到了夏威夷，但是，连在那儿都能制造出麻烦的两津却被当地警察通缉。 　　死命逃亡的两津，被一位谜样的美少女所救，她的小飞机操控技术还真是一极棒。千钧一发死里逃生的两津，为了见到小学时期的好友－龙平，前往夏威夷的希洛，但是到了那，才发现龙平竟已死了，而他留下的女儿就是那谜样美少女，而一点也不相信龙平死了的两津，为了探寻龙平生死真相，有勇无谋的和少女一起乘小飞机回日本。 　　然而，当二人千辛万苦地好不容易到达东京，东京竟被一能制造强力龙卷风，谜般的超巨大UFO给破坏了！ ！而且朝着他的家乡龟有而去…到底这巨大UFO藏着什么样的秘密呢？