少女阿斯娜一直忘不了一首歌，那是从已故父亲留下的矿石收音机里传出的神奇歌声。
阿斯娜遇到了来之地下世界的阿格尔塔的少年纯。两人成了彼此理解的好朋友。纯突然失去了踪迹。
阿斯娜渴望能再次见到纯，她结识了和纯一模一样的少年真，以及一直盼望能与妻子重逢、寻找着地下世界的森崎老师。
通向阿格尔塔的大门打开了。三人怀着不同的期盼前往那传说之地。